深圳市建筑工務(wù)署是根據(jù)《印發(fā)深圳市建筑工務(wù)署職能配置內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制的規(guī)定》（深府辦[2004]72號(hào)）和《關(guān)于調(diào)整市建筑工務(wù)署體制的通知》（深編[2012]52號(hào)）規(guī)定，深圳市建筑工務(wù)署為市政府直屬正局級(jí)行政管理類(lèi)事業(yè)單位。
2020年12月，獲得廣東省委、省政府授予廣東省先進(jìn)集體稱(chēng)號(hào)。